Služba za zaštitu djece formirana je 1954. godine u dispanzerijskom obliku, pod rukovodstvom dr Jelice Čengić. Već 1959. godine na Dječije odjeljenje dolazi dr Momčilo Radojčić, a zatim i dr Krijf Šarlota iz Holandije, te dr Nenad Ercegovac, koji je bio načelnik do 1967. godine. U tom periodu, zbog velikog broja mališana, opterećenost odjeljenja bila je izuzetno visoka – broj pacijenata se kretao oko 50 dnevno.
Od 1968. do 1970. godine službu održavaju ljekari sa Dječije klinike u Novom Sadu, dok 1970. godine dolazi prvi namjenski školovan pedijatar – dr Kata (lin) Rajičić.
Period od 1975. do 1977. godine obilježava jačanje kadrovskog potencijala – stižu dr Asima Pilav i dr Ratko Milinković, a 1976. godine otvara se Jedinica intenzivne njege sa inkubatorima, što predstavlja značajan iskorak u zbrinjavanju novorođenčadi. Usled dobrog organizacionog modela, smrtnost i broj bolničkih dana smanjeni su na nivo evropskih standarda.
U narednim godinama dolaze i dr Sekul Stanić i dr Tanja Stanković, pa odjeljenje broji čak četiri pedijatra. Obnovljena je oprema, prostorije su renovirane, a ljekari su nastavili sa stručnim usavršavanjem.
Tokom 1990-ih godina, uprkos teškim uslovima, odjeljenje nastavlja rad. Od 1993. godine tu su dr Tanja Stanković, dr Radmila Supić i dr Štefica Savić, a već 1996. godine započinje specijalizaciju dr Biljana Milinković, danas načelnik odjeljenja. Slijede ih 2001. – dr Dejan Bokonjić, 2004. – dr Vladimir Turuntaš, a u narednim godinama stižu i dr Tanja Gavrilović Elez i dr Goran Popović.
Od 2012. do 2019. godine načelnik odjeljenja je dr Dejan Bokonjić, nakon penzionisanja dr Stanković. Od 2019. godine načelnik je prof. dr Biljana Milinković.